به گزارش ایسنا، علی جعفریان رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران در یادداشتی با عنوان "طرح تحول سلامت و قضاوت‌ها" خلاصه عملیات مالی طرح تحول در دانشگاه علوم پزشکی تهران در سال ۹۳ و ۹۴ بر اساس گزارش معاونین درمان و توسعه دانشگاه به این شرح است:

"در مدت ۲سال حدود ۳۳۸میلیارد تومان برای پنج بسته طرح تحول شامل کاهش پرداختی از جیب، ارتقای هتلینگ، حضور پزشک مقیم، ارتقای ویزیت و ترویج زایمان طبیعی در دانشگاه علوم پزشکی تهران هزینه شد که از این مقدار ۸۸% (حدود ۳۰۰ میلیارد تومان) مربوط به دو بسته اول است که مستقیما در جهت حمایت مالی بیماران و ارتقاء ارائه خدمت به آنان است و ۱۲% آن (حدود ۳۸میلیارد تومان) صرف سه بسته دیگر شد که ظاهر آن افزایش پرداخت پرسنلی است، اما در واقع هر سه در ازای فعالیت جدید که قبل از این تعریف نشده بود و به‌طور مستقیم با افزایش کیفیت ارائه خدمت مرتبط است، هزینه شده است. حضور متخصص مقیم در تمام بیمارستان‌ها در تمام ساعات روز و ایام هفته و بهبود کیفیت ویزیت با تنظیم زمان مناسب در درمانگاه‌هایی که امکان این کار وجود داشت کاری نبود که پزشکان و پرسنل مایل به انجام آن باشند، بلکه این طرح تحول بود که از آنان خواست این کار اضافه بر وظایف مقرر را بپذیرند تا کیفیت ارائه خدمت به بیماران سرپایی و اورژانس‌ها بهتر شود.
اگر افزایش درآمد ناشی از افزایش تعرفه در آبان ماه سال ۹۳ را هم در این محاسبه وارد کنیم که منجر به افزایش پرداخت کارانه پزشکان به کمتر از دو برابر و افزایش کارانه پرسنل درمانی به حدود ۲.۵برابر، ۱۹% از کل منابع وارد شده به طرح تحول سلامت در دانشگاه علوم پزشکی تهران برای افزایش انگیزه، نگهداشت نیروها و بهبود کمیت و کیفیت خدمات درمانی به پرسنل پرداخت شده و ۸۱% آن مستقیما صرف ارائه خدمت به بیماران شده است.
آنچه بعضا با ادبیات غیرمحترمانه در این باره گفته می‌شود و هدف طرح را افزایش درآمد پزشکان بیان می‌کنند به هیچ وجه با ارقام فوق قابل جمع نیست. البته روشن است که می‌توان نسبت به پرداخت‌های پرسنلی بی‌تفاوت بود و روند رو به رشد خروج نیروهای کیفی از مراکز دولتی را نظاره کرد و ظاهر قضیه را هم خوب فرض کرد، ولی آیا این روش به نفع مردم است یا ایجاد محیط‌های درمانی دولتی قابل رقابت با بخش خصوصی؟ حضور پزشکان متبحر و دانشگاهی در این محیط ارزش افزوده اصلی ما است و حفظ آنها در محیط دانشگاه یک ضرورت است.
تهاجم بی‌وقفه به گروه پزشکی در ماه‌های اخیر و تنزیل یک طرح بزرگ ملی به طرحی صوری برای افزایش درآمد این گروه، یا غرض‌ورزی آشکار است یا بی‌انصافی محض. شایسته نیست از نقاط ضعف احتمالی این طرح به عنوان یک ابزار علیه قشر فرهیخته و دلسوز پزشکان استفاده شود بخصوص که عموم پزشکان نیروهای اجرایی این برنامه هستند و نه طراحان آن و فشار زیادی را از بابت اجرای طرح تحول متحمل شده‌اند.
در عین حال نباید از حرکت ارزشمندی که در بخش بهداشت شروع شده غافل بود؛ برنامه تحول بهداشت با تکمیل شبکه بهداشت در حاشیه شهرها و سپس شهرها و اجرای برنامه‌های متنوع، می‌تواند شروع بسیار خوبی برای گسترش خدمات پیشگیری و مقابله با بیماری‌های غیرواگیر در سطح کشور باشد. طرح پزشک خانواده که مکمل این برنامه است گام بعدی است که اگر نگرانی مشکلات اجرایی آن برطرف و طراحی آن تکمیل شود، جهش دیگری در خدمات سلامت خواهد بود.
دلیل اصلی من برای پرداختن به این موضوع دفاع از وزارت بهداشت و ندیده گرفتن اشکالات طرح تحول نیست، بلکه وظیفه خود می‌دانم از تلاش فراوان و بی‌وقفه تمام دست‌اندرکاران نظام سلامت از کارکنان خدمات بیمارستان‌ها تا وزیر بهداشت، تشکر کنم، آن هم در جامعه‌ای که انگار سپاس‌گزاری در قبال زحمات دیگران می‌رود که به خاطره تبدیل شود. "